Biologie de l’ARN

Responsable : Rachid RAHMOUNI

DESCRIPTIF DU TRAVAIL DE RECHERCHE

Dans le cadre de nos travaux de recherche, nous menons une dynamique forte entre recherche académique sur le métabolisme de l’ARN et des applications biotechnologiques basées sur l’utilisation de la levure S. cerevisiae. Pour le volet recherche fondamentale, nous poursuivons nos études sur les mécanismes co-transcriptionnels de biogénèse et contrôle qualité (QC) des particules ribonucléoprotéiques (mRNPs) dans la levure et les cellules de mammifères. Ces travaux sont réalisés en utilisant notre approche basée sur la perturbation de la biogénèse des mRNPs par le facteur bactérien Rho. Par des analyses globales en transcriptomique (ChIP-Seq et RNA-Seq) et protéomique (pulldown des mRNPs et analyse des protéines par Mass Spec) nous cherchons à comprendre les spécificités vis à vis des mRNPs aberrantes de deux voies de QC et dégradation que nous avons découvertes précédemment. Ce travail devrait nous permettre de mettre en évidence les déterminants structuraux des mRNPs impliqués dans la reconnaissance par chaque voie de QC et dégradation. Un autre aspect consiste à caractériser les défauts induits par Rho sur les mRNPs pendant leur biogénèse et qui sont responsables du déclanchement du système de dégradation par le QC. Ceci devrait nous mener à comprendre les spécificités qui différencient les mRNA qui sont compactés en mRNP et exportés vers le cytoplasme pour la traduction et des RNA noncodants (antisens et intergéniques) qui sont très instables alors qu'ils possèdent les mêmes attributs que les mRNA (coiffe en 5' et queue polyA en 3'). Avec ce travail, nous pensons faire des contributions décisives dans le domaine en pleine expansion des RNA noncodants comme acteurs de la régulation des gènes au niveau de la transcription, dégradation des mRNA et traduction.

En parallèle, nous utilisons notre approche basée sur la perturbation de la biogénèse des mRNPs et le phénotype de retard de croissance qu’elle produit chez la levure et les cellules humaines en culture pour mettre au point des cribles pour rechercher des antibiotiques qui ciblent spécifiquement Rho. Aussi, dans le cadre du projet "Biomédicaments" nous collaborons avec le groupe thématique Thérapies Innovantes et Nonomédecine pour mettre en place une nouvelle technologie pour produire dans la levure de grandes quantités d’ARNm pouvant servir comme vaccin.

 

Principales publications :
  • Mosrin-Huaman C., Hervouet-Coste N. and Rahmouni A. R. Co-transcriptional degradation by the 5'-3' exonuclease Rat1p mediates quality control of HXK1 mRNP biogenesis in S. cerevisiae. (2016) RNA Biol. 13, 582–592.
  • Stuparevic I., Mosrin-Huaman C., Hervouet-Coste N., Remenaric M. and Rahmouni A. R. Co-transcriptional Recruitment of RNA Exosome Cofactors Rrp47p and Mpp6p and Two Distinct TRAMP Complexes Assists the Exonuclease Rrp6p in the Targeting and Degradation of an Aberrant mRNP in Yeast (2013) J. Biol. Chem. 288, 31816-31829.
  • Honorine R., Mosrin-Huaman C., Hervouet-Coste N., Libri D. and Rahmouni A. R. Nuclear mRNA quality control in yeast is mediated by Nrd1 co-transcriptional recruitment (2011) Nucleic Acids Res. 39, 2809-2820.
  • Proshkin S., Rahmouni A. R., Mironov A. and Nudler E. Cooperation between Translating Ribosomes and RNA Polymerase in Transcription Elongation. (2010) Science. 328, 504-508.


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