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Des chercheurs du CBM ont développé le premier outil de prédiction de la terminaison Rho-dépendante, un mécanisme essentiel de régulation bactérienne.

par Frapart - publié le

Cet outil, basé sur la modélisation statistique multivariée d’un large jeu de données expérimentales générées pour l’occasion, permet la prédiction des sites potentiels de terminaison de la transcription Rho-dépendante à l’échelle de génomes entiers. La terminaison Rho-dépendante est un mécanisme spécifiquement bactérien qui joue un rôle majeur dans l’expression génique et le maintien de l’intégrité génomique. C’est notamment un mécanisme important d’ajustement rapide des bactéries aux changements environnementaux ou aux stresses. Bien que les sites de terminaison Rho-dépendante soient très diversiformes et sans réelle séquence consensus, les chercheurs du CBM ont identifié des dizaines de ‘descripteurs’ quantitatifs de séquence (%C et %G, par exemple) qui, pris collectivement, offrent une bonne prédiction de la sensibilité à l’action de Rho (taux de succès 85%). Cette nouvelle approche devrait faciliter l’étude des mécanismes Rho-dépendants de régulation, de protection et de plasticité des génomes bactériens et pourrait être étendue à d’autres types de signaux cryptiques.

Ces travaux ont été publiés dans le journal Nucleic Acids Research.