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Accueil > Thèmes de recherche > Aspects moléculaires du vivant > RMN des Biomolécules > Logiciels utilisés

Logiciels utilisés

publié le , mis à jour le

- Acquisition des spectres RMN

- Traitement et analyse de données RMN

  • NMRPipe/Draw Transformation des spectres RMN (1D à 4D) et analyses automatisées des cartes RMN.
  • NMRView , CCPN et Sparky Attribution et analyse des spectres RMN.
  • CSI Prédiction de la structure secondaire des protéines à partir des déplacements chimiques (HA, CA, CB).
  • TALOS Prédiction des angles de torsions Φ et Ψ du squelette des protéines à partir des déplacements chimiques (HA, CA, CB, CO, N).
  • DANGLE (Dihedral ANgles from Global Likelihood Estimates) Prédiction des angles φ et ψ et des structures secondaires

- Modélisation moléculaire à partir de données RMN Utilisation des contraintes de distances, d’angles de torsions, d’orientation des liaisons mesurées par RMN pour construire et affiner les structures 3D des biomolécules.

- Dynamique Interne

  • Modelfree Détermination des paramètres “modelfree” de Lipari-Szabo à partir de données de relaxation hétéronucléaire.

- Docking

  • HADDOCK Détermination de structures de complexes protéine-protéine, protéine-ADN et protéine-ligand à partir de données expérimentales.

- Modélisation par Homologie

- Visualisation des structures 3D