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En plus du soutien financier dans le cadre du Contrat de projet état-région 2007-2013, le Centre de biophysique moléculaire est impliqué dans des programmes de recherche soutenus par le CNRS mais aussi par des structures publiques ou des associations à but non lucratif : l’Agence Nationale de la Recherche (ANR), l’Institut national du cancer (INCa), le Centre National d’Etudes Spatiales (CNES), le Conseil régional du Centre (CRC), la Communauté Européenne, le Cancéropôle Grand Ouest, le Ministère de l’agriculture et de la Pêche, l’Association pour la recherche sur le cancer (ARC), la Ligue nationale contre le cancer, l’Association nationale de recherche contre le sida (ANRS), la Fondation pour la recherche médicale (FRM), l’Association française contre les myopathies, Vaincre la mucoviscidose, la Fondation Jérôme Lejeune ou encore Biotechnocentre.
Certaines des équipes du Centre de biophysique moléculaire participent aux activités des groupements d’intérêt scientifique (GIS) « Génomique fonctionnelle et Structure des protéines appliquées à la Signalisation et à la Transcription (GSST) » ainsi que « SOLEIL » et sont membres du Pôle d’excellence régional « Centre imagerie ».
Le Centre de biophysique moléculaire entretient aussi des collaborations avec de nombreuses entreprises privées qu’elles soient des start-up (Nucleosyn, Glycodiag, …) ou de renommée nationale et internationale (LVMH, Laboratoires Servier, Pierre Fabre médicaments, EDF, Abbott Spine, …).
Dans le cadre de la mise en place des Pôles de compétitivité, le Centre de biophysique moléculaire participe aux activités du pôle « Sciences de la beauté et du bien-être ».
De nombreuses publications du Centre de biophysique moléculaire concernent des travaux réalisés en collaboration avec des équipes de recherche françaises et européennes.
Le Centre de biophysique moléculaire entretient des collaborations suivies avec de nombreux laboratoires de grands établissements français de recherche (autres unités du CNRS, Universités, Inserm, INRA, CEA, Institut Pasteur, Institut Curie, etc.) ainsi qu’avec de nombreux laboratoires étrangers qu’ils soient issus de pays européens (Pologne, République Tchèque, Allemagne, Grande Bretagne, … ) ou hors Europe (Etats-Unis, Canada, …).
Parmi les collaborations européennes citons tout particulièrement les collaborations avec la Pologne au travers de l’accord de coopération entre l’Université Jagellonne de Cracovie, l’Université d’Orléans et le CNRS dans lequel le Centre de biophysique moléculaire est tout particulièrement impliqué.