Centre de biophysique moléculaire - UPR 4301

Objectif

Les recherches effectuées au sein de ce département ont pour ambition de caractériser au niveau atomique les interactions entre les différents partenaires contenus dans des complexes protéiques, ADN-protéine ou ARN-protéines, ainsi que les évènements moléculaires transitoires impliqués dans la fonctionnalité de ces systèmes. Sont abordées l’altération du matériel génétique par les radiations ionisantes et sa réparation, la régulation de l’expression des gènes, la biogénèse des ARNs, la réponse immunitaire innée et l’induction de la mort cellulaire. Ces travaux font appel à des approches pluridisciplinaires dont la génétique, la biologie moléculaire, la biochimie et des méthodes d’analyses structurales fines que sont la cristallographie et la spectrométrie de masse.

Principales techniques

• Techniques classiques de biologie moléculaire et génétique moléculaire
• Production, analyse et purification d’acides nucléiques ADN et ARN
• Production, analyse et purification de protéines naturelles et recombinantes
• Expression et production de protéines dans des bactéries, des levures et des cellules d’insectes
• Mutagénèse dirigée
• Hybridation et immunolocalisation in situ
• Footprinting in vivo par sondes chimiques sur acides nucléiques et protéines
• Empreinte moléculaire par irradiation sur acides nucléiques et protéines
• Immuno-précipitation de la chromatine pontée (ChIP), co-immunoprécipitation
• Techniques de mise en évidence d’interactions protéine-protéine, ADN-protéine, ARN-protéine et protéine-ligand
• Transgénèse et génétique de la drosophile
• Génétique de la levure (Saccharomyces cerevisiae)
• Cristallisation des protéines et acides nucléiques et diffraction des rayons X
• Spectrométrie de masse

  Principaux équipements

• Appareillages d’électrophorèse pour protéines et acides nucléiques
• Appareillages pour PCR analytique et préparative
• Centrifugeuses, ultracentrifugeuses, autoclaves
• Incubateurs pour cultures de bactérie et levure, fermenteur 10 litres
• Salle de culture cellulaire avec hotte à flux laminaire, microscopes, incubateurs
• Appareillages d’analyse et de purification des protéines et acides nucléiques : Akta Purifier 10 (GE Healthcare), BioCAD sprint (Perseptive biosystem), FPLC Pharmacia, micro-HPLC (CapLC, Waters)
• Hotte stérile pour la manipulation protégée des gels d’électrophorèse
• Lecteur et analyseur d’image de gels colorés Bioprobe.
• Lecteurs et analyseurs de radioactivité et fluorescence Storm et Thyphon
• Equipement pour spectrométrie de masse : electrospray triple quadripole (Quattro II, Micromass), spectromètre MALDI/TOF (Autoflex, Bruker), spectromètre de type trappe ionique (Esquire HCT, Bruker) équipé de sources électrospray, nanospray online et nanospray offline, systèmes HPLC permettent les couplages LC-MS : la nano-HPLC ou nanoLC (Ultimate Dionex avec switchos)
• Equipement pour cristallographie biologique : générateur à anode tournante Rigaku RU200, détecteur à plaque photosensible Marresearch 300, miroirs focalisants, système de cryodiffraction Oxford Cryostream, stations graphiques, analyseur par diffusion dynamique de la lumière (DLS)
• Dispositif d’irradiation par des rayons gamma (Irradiateur IBL437, CISbio International) avec source de 137Cs, débit de dose : 9 Gy/min.

RAHMOUNI Rachid

Coordinateur du département , Directeur de recherche CNRS    @