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L’absorption d’un photon (habituellement dans l’ultraviolet) par une molécule la fait passer de son état fondamental S0 vers un niveau électronique excité Si. Les collisions avec les autres molécules induisent une perte d’énergie vibrationnelle pour la molécule excitée, jusqu’au niveau vibrationnel le plus bas de l’état électronique excité S1. La molécule relaxe ensuite vers l’état fondamental, en émettant un photon : c’est la fluorescence. Ce phénomène est en compétition avec de nombreuses autres voies de désexcitation : conversion interne (retour direct à l’état fondamental sans émission de fluorescence), conversion intersystème (avec émission possible d’un photon : phosphorescence), transfert de charge intramoléculaire, etc. Le spectre d’émission (intensité d’émission de fluorescence en fonction de la longueur d’onde du photon émis) dépend de la nature de la molécule fluorescente et des interactions mises en jeu entre cette molécule et son voisinage.