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Plateforme de Spectrométrie de Masse et Protéomique
La plateforme de Spectrométrie de Masse et Protéomique du Centre de Biophysique Moléculaire prend en charge les analyses MALDI-TOF, nanoLC-IT MS/MS, et ESI-Q3.
MALDI-TOF
La technique MALDI-TOF permet l’analyse de biomolécules pures ou dans des mélanges complexes, avec une bonne tolérance à des éléments du tampon. Les molécules ainsi analysées au CBM sont des protéines entières (membranaires, glycosylées…), peptides, glycopeptides, phosphopeptides, oligonucléotides, glycanes, polymères et de petites molécules organiques. Pour les molécules de masse inférieure à 4000 Da, nous pouvons déterminer la masse précise (monoisotopique) correspondant à la masse exacte théorique de la molécule.
Ces analyses peuvent être effectuées dans plusieurs optiques :
- →Vérifier la qualité d’un produit issu de synthèse organique, de génie biologique ou d’une purification biochimique.
- → Identifier des modifications post-traductionnelles ou induites des protéines, les produits d’une réaction chimique.
- → Analyser des mélanges de peptides issus de la protéolyse d’une protéine isolée (cartographie peptidique).
- → Observer des complexes protéine/ligand covalents.
nanoLC-IT-MS/MS
Cette technique permet l’analyse de mélanges de peptides provenant d’une protéolyse de protéines en solution ou en gel d’électrophorèse mono ou bidimensionnelle, ou d’autre techniques de séparation. Le spectromètre de masse est utilisé en couplage avec une HPLC spécialisée pour les très faibles débits (nL/min), et en mode tandem (MS/MS) pour fragmenter les ions.
La fragmentation des peptides permet d’identifier la protéine dont ils sont issus. Les centaines de spectres de fragmentation obtenus lors d’un même run nanoLC-MS/MS permettent d’identifier simultanément plusieurs protéines. Cette approche peut également donner la localisation précise des modifications post-traductionnelles (phosphorylation par exemple) ou d’autres modifications chimiques sur les peptides.
La trappe ionique est utilisée en infusion directe, sans être couplée à la chromatographie, dans le cadre de projets de recherche (par exemple, analyse de complexes protéine/ligand).
ESI-Q3
L’ESI-triple quadripôle sert à l’analyse de petites molécules chimiques de masse inférieure à 1000 Da. Pour ces analyses, l’échantillon est mélangé avec un solvant d’ionisation, puis introduit dans le spectromètre de masse sous forme liquide, et l’analyte est ionisé par électrospray.
