DAIV
Déregulation de l'Autophagie dans l'Inflammation Due au VIH
Collaborations :
Partenaires hospitaliers
Centre Hospitalier Régional Universitaire d’Orléans (CHUO)
- Dr. Laurent HOCQUELOUX et Dr. Thierry PRAZUCK : Service des Maladies Infectieuses et Tropicales
- Pr. Carine SALLIOT : Service de Rhumatologie
- Dr. Hélène GBAGUIDI : Service de Gynécologie
- Dr Thomas GUERY : Unité de Génétique
Groupe hospitalier l'Archet, Nice
- Pr Pierre-Simon ROHRLICH : Service d’Hématologie Clinique
Partenaires académiques
- Arnaud MENUET : INEM CNRS UMR 7355, Orléans
- Lucile ESPERT : Centre d’études d’agents Pathogènes et Biotechnologies pour la Santé - CNRS UMR 5236, Equipe Autophagie et Infections - Montpellier
- Michaël GUITTAUT, Paul PEIXOTO, Éric HERVOUET : Université de Franche-Comté, Besançon - Unité RIGHT (UMR1098), Groupe « Autophagy, Epigenetics and T-cell Immunity in Cancer (AETIC) » et plateforme EPIGENExp (épigénétique)
- Tony JOURDAN : INSERM UMR1231, équipe PADYS, Dijon
- Sophie ROBERT, Sébastien LIMET et Patrick MARCEL, LIFO (Laboratoire d’Informatique Fondamentale d’Orléans)
Partenaires industriels
- Little Green Pharma, Perth - Australie
- Overseed, Orléans - France
- Chenevia, Vannes - France
Principales techniques utilisées :
Biologie cellulaire :
- Culture de cellules de humaines : lignées cellulaires, cellules primaires sanguines normales et pathologiques (salle de culture de niveau P2)
- Transfection cellulaire (ADN, ARN interférents)
- Analyse de marqueurs de surface par cytométrie en flux multifluorescences, sur plateforme MO²VING [Fortessa X20 (4 lasers), trieur de cellules Facs Aria III SORP (4 lasers) et… l’ancêtre, FACSort (1 laser) de Becton Dickinson]
- Immunomarquages sur cellules fixées (adhérentes ou CytoSPIN), lecture sur plateforme MO²VING [Video-microscopes (Zeiss) Axiovert 200M et Axio Observer Z1 avec lampe à diode Colibri et Apotome + enceinte contrôlée des conditions de culture, Microscope confocal (3 lasers) LSR510 META (Zeiss)]
- Etude du cycle cellulaire, du flux calcique, analyses multiplexes par cytométrie en flux
- Tests d’induction soit d’apoptose soit de prolifération, évaluation de potentiel pro-apoptotique et/ou anti-prolifératif.
- Tests de déclenchement de l’inflammation, et évaluation de potentiel anti-inflammatoire
- Tests de macro-autophagie, par immunofluorescence, cytométrie de flux western-blot
- Tri cellulaire par billes magnétiques ou par fluorescence et clonage cellulaire
- Tests de viabilité cellulaire / toxicité de molécules (MTT, AlamarBlue)
Biologie moléculaire :
- Clonage, construction et préparation de plasmides
- Isolement d’ARN, par kits commerciaux sur colonnes ou via le robot MagnetaPure 32 (Macherey-Nagel)
- Génération d’ADNc pour quantification ciblée ou analyse transcriptomique
- PCR (thermocycleur BioRad),
- PCR quantitative en temps réel [MyIQ (BioRad + Light Cycler (Roche) de l’équipe BCM]
- PCR quantitative en gouttelettes / Droplet digital PCR QX200 (Bio-Rad)
Biochimie :
- Casseur de cellules et broyeurs de tissus (Tissue Dissociator Lyser 2, Qiagen)
- Gels SDS-PAGE, mini et midi
- Western-blot avec transfert rapide (PowerBlotter) et révélation iBind, lecture sur iBright (commun CBM)