Jusqu’ici, l’approche standard pour analyser des complexes de molécules en spectrométrie de masse native, c'est à dire en conservant les complexes intacts dans l’instrument, utilisait l’électrospray pour produire les ions à détecter. L’ionisation MALDI présente pourtant de nombreux avantages, tels qu’une moindre consommation d’échantillon et une meilleure tolérance à certains additifs ou contaminants, et son utilisation ouvre de nouvelles perspectives en spectrométrie de masse native.
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