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22.06.2102 - Nouvel article de l’équipe "Hélicases et ARN : mécanimses, ciblage et bio-mimétisme" dans "Methods in Enzymology"

par Frapart - publié le

Schwartz, A., Rabhi, M., Margeat, E. and Boudvillain, M.
Analysis of Helicase–RNA Interactions Using Nucleotide Analog Interference Mapping
Methods in Enzymology vol 511, 149-169

Résumé :
La méthode NAIM (Nucleotide Analog Interference Mapping) est une approche de biochimie combinatoire qui sonde les atomes et groupements fonctionnels individuels dans une molécule d’A.R.N. et identifie ceux qui sont importants pour une fonction biochimique donnée. Ici, nous montrons comment NAIM peut être adaptée pour révéler des atomes et groupements fonctionnellement importants au sein de substrats d’A.R.N. d’hélicases. Nous expliquons comment NAIM peut être utilisée pour examiner les mécanismes de translocation et de séparation de bins des hélicases et discutons des avantages et des limites de cette puissante approche chimio-génétique.

Abstract :
Nucleotide analog interference mapping (NAIM) is a combinatorial approach that probes individual atoms and functional groups in an RNA molecule and identifies those that are important for a specific biochemical function. Here, we show how NAIM can be adapted to reveal functionally important atoms and groups on RNA substrates of helicases. We explain how NAIM can be used to investigate translocation and unwinding mechanisms of helicases and discuss the advantages and limitations of this powerful chemogenetic approach.