Vendredi 16 octobre 2009 à 11 h 00

Ce séminaire a été annulé et sera peut être reporté début décembre 2009.

À l’invitation de Céline Landon

« Quels modes d’interaction pour le micro-ARN let-7 avec deux sites de la région 3’-UTR de l’ARN-messager lin-41 ? Une étude par spectroscopie RMN »

Docteur Christophe Thibaudeau

Les siARN et microARN désignent de courtes séquences non codantes d’ARN simple brin capables d’interférer avec l’expression d’un gène au niveau post-transcriptionnel. La suppression de l’expression génique intervient grâce à deux mécanismes : (1) l’hydrolyse de l’ARNm si l’ARN interférant forme un complexe parfaitement complémentaire avec sa cible ; (2) ou la formation d’un complexe ARN interférant-ARNm stable, non hydrolysé, comportant des bases non appariées au sein de la boucle interne et/ou des renflements. Des études visant à déterminer quels facteurs structuraux déterminent la voie empruntée par les siARN ou miARN pour réguler l’expression génique ont été publiées dans la litérature. Cependant, des interrogations subsistent quant au degré minimum d’appariement et à la nature des paires de base requises pour une hydrolyse de la cible ARNm.

Durant ce séminaire, je vous présenterai les résultats de travaux de recherche conduits à l’aide de la spectroscopie RMN et de modélisation moléculaire sur la structure et la stabilité de molécules d’ARN en épingles à cheveux construites comme modèles de l’interaction de let-7, l’un des membres fondateurs de la famille des miARN, avec deux cibles au sein de la région 3’-UTR lin-41.

Vendredi 23 octobre 2009 à 11 h 00

À l’invitation de Vincent Aucagne

« Mise au point d’une méthode de fonctionnalisation de microcomposants par voie photochimique & Nanofils de silicium pour la détection d’endoglycosidases »

Docteur Nabil Dendane
UMR CNRS 8161 Université de Lille Nord de France
Institut Pasteur de Lille, IFR 142
1 rue du Pr Calmette 59021 Lille Cedex

Le travail exposé a pour finalité le développement d’une méthode efficace de fonctionnalisa-tion et d’adressage de biomolécules sur support solide fermé tel que des microcanaux ou capillaires. La fonctionnalisation de la surface de verre ou de silicium est réalisée en utilisant la formation d’un lien covalent oxime entre la molécule et le support. L’adressage est réalisé en utilisant une déprotection photochimique de la fonction oxyamine protégée par un groupe photolabile (NPPOC). Nous avons démontré en format plan et en format capillaire que la surface oxyamine protégée par un groupe photolabile est efficace pour l’immobilisation de plusieurs oligonucléotides de façon localisée et également d’autres molécules tels que les sucres, peptides ou molécules hydrophobes et hydrophiles.

L’héparanase est une enzyme impliquée dans la formation de métastases. Elle dégrade les héparanes sulfates qui constituent la matrice extracellulaire, et ainsi favorise la migration des cellules tumorales. Avant d’étudier l’héparanase, nous allons caractériser le système avec l’héparinase, une enzyme d’origine bactérienne qui est un bon modèle de l’héparanase. Nous allons greffer de l’héparine sur les nanofils et suivre la dégradation de cette molécule par l’enzyme in situ par mesures électriques. L’héparine est une molécule fortement chargée (~2 sulfates par unité glucosidique). La dégradation enzymatique va donc induire une perte de charges importante à la surface du nanofil.

L’immobilisation de l’héparine sur les nanofils est réalisée par un peptide bifonctionnel. Le peptide présente une cystéine en N-terminal pour la ligation native avec les nanofils préalable-ment fonctionnalisés par un thioesters, et une fonction oxyamine qui permettra l’immobilisation de l’héparine sur son extrémité réductrice par un lient chimiosélective oxime.

Mots-clés : laboratoire sur puce, nanobiodétecteur, capillaire, microcanal, nanofils de silicium, fonctionnalisation de surface, silanisation, hydrosilylation, photodéprotection, oligonucléotide, peptide, sucre, endoglycosidase, héparine, ligation native, oxime.