Les logiciels sont omniprésents en science, pourtant ils sont négligés

Un récent article dans la revue Nature Computational Science, co-signé par quatorze auteurs internationaux, résume les multiples facettes du logiciel dans la recherche scientifique.

A l’heure où le monde scientifique (et au-delà) parle de code, d’algorithmes, ou même d’intelligence artificielle, parler de « logiciels » semble une subtilité sémantique de plus. Pourtant, de nombreuses facettes du logiciel, par exemple les questions de licences d'utilisation ou de formats de fichiers, ne font pas partie de la définition du code ou de l'algorithme. Les auteurs, chercheurs en sciences humaines et praticiens du calcul scientifique, tirent l'attention sur les facettes du logiciel qui sont négligées autant par les chercheuses et chercheurs que par les organismes de recherche et les agences de financement : l'ingénierie, la gouvernance, les licences, la dissémination, l'infrastructure, la théorie intégrée et les utilisateurs.

La chimie computationnelle prend une place importante dans cette analyse parce qu'elle a été l'une des premières disciplines dans lesquelles la tension entre l'approche industrielle et l'approche académique de l'assurance qualité est devenue évidente. Pour les uns, un logiciel est fiable s'il a été développé par des professionnels dans les règles de l'art du génie logiciel, pendant que pour les autres, c'est la transparence et la malléabilité du code « Open Source » qui est le garant de la fiabilité.

Référence de l'article :
Hocquet, A., Wieber, F., Gramelsberger, G. et al. Software in science is ubiquitous yet overlooked. Nat Comput Sci (2024). https://doi-org.insb.bib.cnrs.fr/10.1038/s43588-024-00651-2

Comment l’environnement hydrothermal de la Terre Primitive a pu influencer le choix du sucre constitutif de l’ADN et de l’ARN

© Francesco Piazza

Pourquoi le furanose est-il le seul sucre que l’on retrouve dans la composition de l’ADN et l’ARN alors que cette forme de sucre n’est pas la plus stable, donc pas la plus abondante, dans les conditions de température et de pression que nous connaissons actuellement ? Ce sont les sources hydrothermales, omniprésentes à la surface de la Terre primitive, et leur influence thermique complexe, qui pourraient être à l’origine de cette sélectivité. Cette étude menée par les scientifiques du Centre de biophysique moléculaire, qui fait l’objet d’un article dans la revue Nature Communications, devrait permettre de mieux comprendre pourquoi et comment les molécules s’assemblent pour donner la vie dans un contexte géologique primitif.

Référence

Avinash Vicholous Dass, Thomas Georgelin, Frances Westall, Frédéric Foucher, Paolo De Los Rios, Daniel Maria Busiello, Shiling Liand & Francesco Piazza
Equilibrium and non-equilibrium furanose selection in the ribose isomerisation network

Nature Communications, 12 2749 (2021) https://www.nature.com/articles/s41467-021-22818-5




Votre code vieux de dix ans, fonctionne-t-il encore ?

Les ordinateurs sont devenus des outils indispensables à la recherche scientifique, et les logiciels deviennent de plus en plus un médium pour exprimer des modèles et des méthodes scientifiques. Mais contrairement aux articles publiés dans les journaux scientifiques, qui sont archivés et restent accessibles pendant de nombreuses décennies, les logiciels sont fragiles et peuvent devenir inutilisables en quelques années.

Konrad Hinsen, chercheur au CBM, et Nicolas Rougier, informaticien à l'INRIA Bordeaux Sud-Ouest, ont
lancé un défi aux chercheurs : Pouvez-vous encore exécuter un code que vous avez publié il y a au moins dix ans ?

En réponse, la revue ReScience C, qu'ils ont fondée en 2015, a reçu 28 rapports de reproductibilité détaillés, qui ont été résumés par un journaliste dans Nature.