Logiciels utilisés

Acquisition des spectres RMN

Traitement et analyse de données RMN

  • NMRPipe/Draw Transformation des spectres RMN (1D à 4D) et analyses automatisées des cartes RMN.
  • NMRView , CCPN et Sparky Attribution et analyse des spectres RMN.
  • CSI Prédiction de la structure secondaire des protéines à partir des déplacements chimiques (HA, CA, CB).
  • TALOS Prédiction des angles de torsions Φ et Ψ du squelette des protéines à partir des déplacements chimiques (HA, CA, CB, CO, N).
  • DANGLE (Dihedral ANgles from Global Likelihood Estimates) Prédiction des angles φ et ψ et des structures secondaires

Modélisation moléculaire à partir de données RMN Utilisation des contraintes de distances, d’angles de torsions, d’orientation des liaisons mesurées par RMN pour construire et affiner les structures 3D des biomolécules.

Dynamique Interne

  • Modelfree Détermination des paramètres “modelfree” de Lipari-Szabo à partir de données de relaxation hétéronucléaire.

Docking

  • HADDOCK Détermination de structures de complexes protéine-protéine, protéine-ADN et protéine-ligand à partir de données expérimentales.

Modélisation par Homologie

Visualisation des structures 3D

Voir aussi dans «RMN des Biomolécules : Antimicrobiens, toxines et Métabolites»

La technique en quelques mots Spectromètres RMN