Résumé de l’article :
We demonstrate the conceptual advantage of using metal−organic frameworks (MOFs) for the creation of a polymetallic material that contains several different near-IR-emitting lanthanide cations and operates as a barcode material with unique luminescence properties. By choosing the ratio of lanthanide salts used during the synthesis, we can control the ratio of lanthanide cations present in the resulting material. We have demonstrated that the emission intensity of each of the different lanthanide cations is proportional to its amount in the MOF crystal, resulting in unique spectroscopic barcodes that depend on the lanthanide cation ratios and compositions.
Références :
J. Am. Chem. Soc., Article ASAP
DOI: 10.1021/ja907885m
Publication Date (Web): November 25, 2009
“A restrained Molecular Dynamics approach for generating a small set of structures representative of the internal flexibility of a receptor”.
Samia Aci-Sèche, Norbert Garnier, Daniel Genest, Stéphane Bourg, Christophe Marot, Luc Morin-Allory and Monique Genest
QSAR Comb. Sci., 2009, 28, 9, 959-968
(Lien sur l’article : http://www3.interscience.wiley.com/cgi-bin/fulltext/122522748/PDFSTART)
Résumé :
Des méthodes de structure multiple de protéine ont été proposées pour incorporer la flexibilité des protéines dans le “docking” ou amarrage moléculaire. Une approche, pour amarrer les ligands sur un récepteur rigide, consiste à générer un ensemble de structures rigides, déterminées expérimentalement par rayons X ou par spectroscopie de RMN, ou par simulations numériques. Dans ce travail nous présentons une méthode empirique pour générer de nombreuses conformations d’un récepteur en recourant à des simulations de dynamique moléculaire (DM) restreintes et nous proposons un protocole de partitionnement permettant la sélection de quelques conformations représentatives du site de liaison à partir de l’échantillonnage des DM restreintes.
Ce travail a été récompensé du prix poster des Journées Nationales de la Société Française de Chémoinformatique (www.chemoinformatique.fr)
“Sampling the internal flexibility of a receptor: a restrained molecular dynamic approach applied to PPAR g active site”.
S. Aci-Séche_, N. Garnier, D. Genest, S. Bourg, C. Marot, L. Morin-Allory, M. Genest
Journées Nationales de la Société Française de Chémoinformatique, 24-25/06/2006 – Montpellier (France) (voir fichier PDF joint)
Il a également fait l’objet d’une présentation orale par Samia Aci-Sèche lors du Congrés Européen de Biophysique EBSA 2009 (http://www.ebsa2009.org) qui s’est déroulé à Gènes (Italie) du 11 au 15 juillet 2009.
Le défi pour les ADN glycosylases telles que Fpg et hOgg1, enzymes qui initient le système de réparation par excision de base, est de trouver et d’éliminer une base endommagée parmi un million de bases normales dans l’ADN. Ce processus est d’autant plus complexe que ces enzymes doivent identifier des lésions de petites tailles qui ne sont pas associées à des changements importants de la structure locale de l’ADN mais aussi, des lésions encombrantes qui déforment fortement la structure de l’ADN, tout cela, en utilisant le même site actif. En combinant la synthèse chimique de molécules d’ADN contenant des modèles de lésions variant par leur encombrement stérique et une analyse structurale par cristallographie de complexes Fpg/ADN, des chercheurs du CBM ont établi les bases moléculaires de la formation de complexes abortifs mais stables entre ce type d’enzymes et la lésion encombrante. Ils proposent que la formation de ce type de complexe moléculaire inhibe les processus de réparation des lésions encombrantes de l’ADN, expliquant ainsi la persistance de ce type de dommages observés in vivo et les effets génonotoxiques qui leur sont associés. L’inhibition sélective de Fpg et hOgg1 par des mimes synthétiques de lésions encombrantes ouvre la voie à la possibilité de moduler la réparation de l’ADN in vivo. Le ciblage pharmacologique de ce type d’enzymes pourrait être proposé dans le traitement de certains cancers (poumon et colon) et de maladies dégénératives du système nerveux central (Alzheimer et Huntington).
Référence :
Coste, F., Ober, M., Le Bihan, Y.-V., Izquierdo, M.A., Hervouet, N., Carell, T. and Castaing, B. “Bacterial base excision repair enzyme Fpg recognizes bulky N7-substituted-FapydG lesion via unproductive binding mode.” Chemistry & Biology (2008) 15, 706-717
Illustration:
Juin 2008
Parution du livre “Radiation chemistry: from basics to applications in material and life sciences”
Editeurs: Spotheim-Maurizot, M; Mostafavi, M; Douky, T; Belloni, J
Collection: « L’actualité chimique Livres »
EDP Sciences, 307 pages
Illustrations en couleurs
Prix : 59 euros
Ce livre fait le point sur les apports nombreux et originaux de la chimie sous rayonnement à la connaissance fondamentale de la réaction chimique et de ses vastes applications. Ses techniques permettent d’élucider des mécanismes physico-chmiques en chimie inorganique, organique (y compris dans l’espace) ou en biochimie. Ces connaissances sont appliquées en science des matériaux (radio-polymérisation, radio-greffage, traitement spécifique des surfaces, la synthèse de nanomatériaux complexes, la dégradation de polluants de l’environnement ou la radiorésistance de matériaux pour le nucléaire). En sciences de la vie, l’étude des effets du rayonnement sur les macromolécules du vivant (ADN, protéines, lipides) permet non seulement de comprendre leurs réactions naturelles de dégradation, réparation, et le métabolisme des médicaments, mais aussi d’exploiter la radiosensibilité des biomolécules pour améliorer notre santé. Notamment, des avancées majeures dans la radiothérapie anticancéreuse, dans la radioprotection des travailleurs du nucléaire et de la population en général, ainsi que dans le traitement des aliments ou la radiostérilisation des médicaments ont pu être obtenues grâce à ces recherches.
Abondamment illustré, ce livre rédigée en anglais, comporte 20 chapitres écrits par des spécialistes internationaux reconnus qui ont fait l’effort de se rendre accessibles. Il intéressera tant les chercheurs curieux d’un domaine scientifique nouveau pour eux que les étudiants séduits par le côté original et pluridisciplinaire du domaine. A l’heure où les recherches en chimie sous rayonnement connaissent dans beaucoup de pays un développement spectaculaire, ce livre devrait attirer de nombreux nouveaux-venus dans le domaine.
Le livre peut être commandé auprès d’EDP Sciences, 17 Avenue du Hogar, BP 112, 91944 Les Ulis Cedex A.
