Tout ce que vous avez toujours voulu savoir sur les interactions protéines/protéines et les tests d’activité kinase est dans un article publié dans JOVE.

Le groupe « Signalisation cellulaire » dirigée par le Dr H. Bénédetti vient de publier dans JOVE, Journal of Visualized Experiments, journal à comité de lecture où les articles sont sous forme de video.

Cet article fait partie de la rubrique des méthodes et fondamentaux en biochimie.

Il détaille les techniques suivantes :

- transfections transitoires de plasmides dans des cellules eucaryotes
- extractions protéiques
- validation d’un anticorps
- étude d’interactions par co-immunoprecipitation
- étude de l’activité kinase d’une protéine par marquage au g32P-[ATP] ou en utilisant des anticorps phosphospécifiques

Ces techniques sont étoffées par les résultats qui ont été obtenus sur la protéine LIMK2-1, que l’équipe vient de mettre à jour et de caractériser. Cette protéine jusque là inconnue, existe bien, et est très atypique dans sa façon de réguler le remaniement du cytosquelette d’actine.

De la matière organique extraterrestre tombée sur Terre il y a 3,3 milliards d’années

Les météorites en apportent régulièrement, mais elle n’a laissé aucune trace ancienne. Elle a été repérée et analysée par des chercheurs du CNRS, de Chimie ParisTech, des universités de Tours et de Lille. Leur publication, dans la revue Geochimica et Cosmochimica Acta, offre un premier modèle pour distinguer ces molécules venues d’ailleurs de celles produites sur Terre.

Références de l'article : D. Gourier et al.
Extraterrestrial organic matter preserved in 3.33 Ga sediments from Barberton, South Africa.
Geochimica et Cosmochimica Acta - Mai 2019 - DOI: 10.1016/j.gca.2019.05.009

Voir l'article

Voir le communiqué du CNRS

 

Déclencher la réponse immune face aux tumeurs grâce à de l’ARN messager de synthèse

Des chercheurs du CBM, en coopération avec les immunologistes de l’Université libre de Bruxelles et de l’entreprise EtheRNA (Belgique), ont découvert une formulation capable de transmettre une réponse immune anti-tumorale sur des cellules dendritiques, les cheffes d’orchestre des réponses immunitaires de l’organisme. Lors des essais précliniques de vaccination sur des souris porteuses de tumeurs, une très forte régression et parfois une absence de la croissance tumorale ont été observé.

Une nouvelle méthode d’analyse de la terminaison de la transcription Rho-dépendante

La terminaison de transcription rho-dépendante est un mécanisme régulateur polyvalent qui est spécifique aux bactéries et qui constitue une cible intéressante pour le développement de nouveaux antibiotiques. Bien que la terminaison Rho-dépendante puisse ponctuer l’expression des gènes ou contribuer à la protection du génome à des centaines de sites au sein d’une bactérie donnée, ses caractéristiques et son périmètre exacts restent insuffisamment caractérisés. Les méthodes analytiques couramment utilisées pour étudier la terminaison Rho-dépendante sont généralement limitées et à faible débit. Pour pallier ces difficultés, le groupe de Marc Boudvillain au CBM a développé une méthode in vitro basée sur un principe de détection par fluorescence qui est compatible avec la caractérisation rapide et à haut débit de la terminaison de la transcription Rho-dépendante. Cette nouvelle méthode devrait faciliter l’identification de nouveaux sites et mécanismes de terminaison et convenir au criblage haut-débit de chimiothèques à la recherche de nouvelles drogues antibiotiques ciblant le facteur Rho.

LIMK2-1 : une nouvelle cible thérapeutique atypique pour traiter les cancers, les maladies neurologiques et les neurofibromatoses

La famille des LIM kinases (LIMKs) comprend seulement 2 membres, LIMK1 et LIMK2. Ces kinases régulent la dynamique du cytosquelette en contrôlant le remodelage des filaments d’actine et des microtubules. Or, ces processus sont cruciaux dans de nombreux processus biologiques et pathologiques. Une nouvelle isoforme de LIMK2, LIMK2-1, vient d’être mise en évidence chez l’homme. Comme ces deux homologues, elle régule la dynamique du cytosquelette, mais par un mécanisme différent. Les deux homologues de LIMK2 phosphorylent la cofiline, un facteur de dépolymérisation de l’actine, ce qui conduit à son inactivation et donc à une perte de la dynamique de remodelage du cytosquelette. LIMK2-1 ne phosphoryle pas la cofiline, le substrat de référence des LIMKs, mais elle empêche sa déphosphorylation. LIMK2-1 régule donc de façon atypique et nouvelle le taux de cofiline phosphorylée dans la cellule, facteur déterminant pour son devenir. Les LIMK kinases sont suractivées dans de nombreuses pathologies. Aussi, les thérapies actuellement développées visent à inhiber l’activité kinase des LIMKs vis-à-vis de la cofiline. Nos données suggèrent que ces thérapies pourraient connaître des résistances dues à LIMK2-1 qui n’a pas d’activité kinase sur la cofiline mais qui pourtant régule son niveau de phosphorylation. LIMK2-1 pourrait s’avérer être un trouble fête conduisant à l’échec de ces thérapies ciblées.

 

Une nouvelle interprétation de spectres de diffusion de neutrons

L’article présente une nouvelle interprétation de spectres de diffusion de neutrons par des systèmes moléculaires qui a beaucoup en commun avec la théorie de Franck-Condon décrivant les transitions vibrationnnelles dans une molécule après absorption ou émission d’un photon. Ici les éléments clé sont les probabilités quantiques pour les
transitions entre les niveaux d’énergie du système étudié, qui sont induites par la diffusion d’un neutron. De cette manière, le concept fondamental de "paysages d’énergie", qui a été introduit par Hans Frauenfelder afin de décrire la dynamique interne de protéines en termes de "sauts" entre les minima de leur énergie (libre) interne, peut être intégré dans l’analyse des spectres de diffusion de neutrons par des systèmes complexes en général. La théorie donne aussi une interprétation physique intuitive des fonctions de corrélation de Van Hove dans le régime quantique, ainsi que de leur limite classique qui est habituellement considérée dans l’analyse de spectres quasiélastiques de neutrons provenant de protéines et d’autres systèmes moléculaires complexes.