Les filaments protéiques dans la régulation de l’expression des gènes

Bien que chaque cellule de notre corps contienne la même information génétique, les cellules diffèrent dans la manière dont elles l'utilisent, un processus connu sous le nom "d'expression génétique". La régulation de l'expression des gènes est orchestrée par des protéines appelées facteurs de transcription, qui se lient à des séquences spécifiques de l'ADN. Les facteurs de transcription sont traditionnellement considérés comme opérant principalement sous forme de molécules uniques ou de dimères.

L'article de Mance et al. révèle que plusieurs facteurs de transcription de la famille connue sous le nom de ZBTB, présents chez l'homme et d'autres animaux, ont la capacité de former des structures filamenteuses non covalentes composées de nombreuses copies identiques de protéines disposées en chaîne. Au niveau moléculaire, de telles structures pourraient offrir des avantages significatifs pour se lier à l'ADN, qui est lui-même une molécule allongée contenant de nombreuses séquences répétées. Quelques exemples de facteurs de transcription formant des filaments avaient déjà été rapportés, mais cette étude étend ce concept à une grande famille de cette protéine aux fonctions importantes. L'étude - qui combine des analyses structurales, biophysiques et fonctionnelles réalisées in vitro et dans des cellules - a été réalisée par l'équipe "Modifications post-traductionnelles et réparation de l'ADN" du CBM et leurs collaborateurs à Orléans, Rennes et Marseille, dont l'équipe "Spectrométrie de masse fonctionnelle des assemblages moléculaires" également au CBM.

Les résultats de cette recherche, ainsi qu'une étude complémentaire réalisée par les groupes de Benjamin Ebert et Eric Fischer du Dana-Farber Cancer Institute à Harvard (publiée dans le même numéro de Molecular Cell), remettent en question la vision traditionnelle de la fonctionnalité des facteurs de transcription.

Dans les cellules, les protéines ZBTB sont régulées par un processus appelé SUMOylation, qui consiste à leur ajouter une petite étiquette appelée SUMO, ce qui modifie leur fonctionnement. Les études sur les protéines ZBTB entreprises à Orléans, au cours desquelles les structures filamenteuses ont été découvertes, font partie du projet "SUMOwriteNread" financé par l'Union européenne (subvention ERC n° 101078837). Les chercheurs étudient actuellement l'interaction entre la capacité à former des filaments et le marquage SUMO pour comprendre la réalité complexe de la régulation de l'expression des gènes.

Cette recherche a été  signalée par CNRS Chimie sur son site internet.

Dynamic BTB-domain filaments promote clustering of ZBTB proteins.
Lucija Mance, Nicolas Bigot, Edison Zhamungui Sánchez, Franck Coste, Natalia Martín-González, Siham Zentout, Marin Biliškov, Zofia Pukało, Aanchal Mishra, Catherine Chapuis, Ana-Andreea Arteni, Axelle Lateur, Stéphane Goffinont, Virginie Gaudon, Ibtissam Talhaoui, Ignacio Casuso, Martine Beaufour, Norbert Garnier, Franck Artzner, Martine Cadene, Sébastien Huet, Bertrand Castaing & Marcin Józef  Suskiewicz
Molecular Cell 2024
https://doi.org/10.1016/j.molcel.2024.05.029

Cancer du sein : vers un diagnostic précoce par imagerie

Imager in vivo des tumeurs métastatiques du cancer du sein à des stades très précoces est en passe de devenir possible. Une équipe de chimistes et biologistes du Centre de biophysique moléculaire (CNRS) a en effet mis au point une nouvelle sonde d’imagerie par résonance magnétique (IRM) qui présente une affinité sélective pour un biomarqueur émergent du cancer métastatique du sein : la Nétrine-1.

En savoir plus sur le site de Cnrs Chimie.

L'article est signalé dans News.dayFR

Référence
Peptide-Conjugated MRI Probe Targeted to Netrin-1, a Novel Metastatic Breast Cancer Biomarker
Clémentine Moreau, Tea Lukačević, Agnès Pallier, Julien Sobilo, Samia Aci-Sèche, Norbert Garnier, Sandra Même, Éva Tóth & Sara Lacerda
Bioconjugate Chemistry 2024
https://doi.org/10.1021/acs.bioconjchem.3c00558

Les doctorants de 1ère année présentent leurs sujets de thèses


Doctorants de 1ère année, de haut en bas et de gauche à droite :
Gilles Metrard, Johnathan Black, Océane Quin, Gilles Le Rouzic, Simon Héry, Audrey Roussel, Daniela Teixeira, Abdoul Kaboré, Ayena Kossi, Aanchal Mishra, Steevens Bouaziz , Petra Cutuk.

Sujets des thèses :

Département "Aspects Moléculaires du Vivant" :
Johnathan Black "Discovery of new riboswitches by very large-scale enzymatic screening"
Aanchal Mishra "Mechanisms of protein SUMOylation: understanding through the lenses of SUMO-SIM enigma"
Emma Leborgne "Study of sequence-activity relationships and the structure of alterocin and antibiofilms secreted by a marine bacterium"
Audrey Roussel "Towards a new anti-cancer therapy targeting microtubules"

Département "Biologie et Biophysique des récepteurs, Applications translationnelles (BioBRAT)"
Abdoul Kaboré "Functionnal details of biased signaling elicited by serotonin 5HT7 receptor"
Ayena Kossi "Therapeutic properties of cannabinoids and development of their pharmacological applications"
Océane Quin "Development o f cellular and molecular tools for the study of the mechanisms of action of phytocannabinoids in the skin"

Département "Chimie Imagerie et Exobiologie"
Petra Cutuk "Regulation of SKCa channels by cAMP/PKA pathway in cancer cells: development of novel near-infrared optical imaging tools"
Léa Diebold "Towards tumour theranostics: hypoxia activation as a tool for therapy and diagnostics"
Simon Héry "Novel  metal-based agents for selective amyloid imaging"
Gilles Le Rouzic "Quantitation in SPECT cardiology 3D CZT camera contribution"
Gilles Metrard "4D dynamic images in SPECT/CT"
Daniela Teixeira "Manganese(III) porphyrin and hemiporphyrazine complexes: towards safer, more selective and efficient MRI contrast agents"

Département "NanoMatériaux et NanoSondes"
Steevens Bouaziz "Autologous production of biological drugs: AutomAb project"
Laura Divoux "Natural deep eutectic solvents - based formulations for skin care"

La logique des modifications des protéines

Parmi les principaux éléments fonctionnels des cellules vivantes figurent les protéines, de petites « machines moléculaires » produites par la cellule en fonction des informations codées dans les gènes.

Chaque protéine est caractérisée par une composition chimique qui définit sa structure et sa fonction. Dans certaines circonstances, la composition chimique d'une protéine peut être modifiée au cours d'un processus enzymatique appelé modification post-traductionnelle des protéines (PTM), par lequel des groupes chimiques supplémentaires sont attachés de manière covalente à la protéine. Les PTM sont utilisés par la cellule comme mécanisme de régulation pour contrôler la fonction des protéines. L’ajout de nouveaux groupes chimiques, qui peuvent se présenter sous différentes formes et tailles, allant des petits groupes aux petites protéines en passant par les sucres et les lipides, modifie la structure et les interactions d’une protéine et peut avoir un impact sur presque tous les aspects de sa fonction.

Marcin Suskiewicz, biologiste structuraliste et biochimiste du CBM, a consacré de nombreuses années à l'étude de différents types de PTM et supervise actuellement un projet consacré à un type particulier de PTM : la SUMOylation des protéines.

Dans l'article de synthèse publié dans la revue BioEssays, il passe en revue l’historique de la recherche sur les PTM ainsi que diverses facettes de ce phénomène, notamment les principes chimiques sous-jacents, les mécanismes moléculaires et l’évolution. La revue combine une introduction au domaine avec un aperçu de la littérature récente et de nouvelles idées et hypothèses.

Références de l'article :
The logic of protein post-translational modifications (PTMs): Chemistry, mechanisms and evolution of protein regulation through covalent attachments
Marcin Suskiewicz
BioEssays
First published:21 January 2024
https://doi-org.insb.bib.cnrs.fr/10.1002/bies.202300178

Une publication sur l’ADP-ribosylation est parue dans la revue Cell

L'ADP-ribosylation est une réaction biochimique dans laquelle le groupe ADP-ribose du NAD+ s'attache de manière covalente à divers substrats. En tant que telle, l’ADP-ribosylation représente une modification omniprésente des protéines et d’autres biomolécules (par exemple les acides nucléiques). Catalysée par une gamme d'enzymes spécifiques, dont la plus importante chez l'homme est PARP1, l'ADP-ribosylation sert de mécanisme de régulation influençant un large éventail de processus cellulaires dans tous les domaines de la vie. Cette nouvelle publication, parue dans la prestigieuse série "Leading Edge" de la revue Cell, couvre l'état de l'art sur ce sujet : la biologie structurale, la biochimie, la biologie cellulaire et les facettes cliniques de l'ADP-ribosylation. Outre Marcin Suskiewicz du CBM en tant que premier auteur, la publication a été co-écrite par Ivan Ahel et des membres de son groupe de l'Université d'Oxford.

Suskiewicz M., Prokhlrova E., Rack J.G.M., Ahel I.
ADP-ribosylation from molecular mechanisms to therapeutic implications
Cell Review, Volume 186, Issue 21, pages 4475-4495, October 12, 2023 - doi: 10.1016/j.cell.2023.08.03