De nombreuses publications du CBM concernent des travaux réalisés en collaboration avec des équipes de recherche françaises et européennes. Parmi les collaborations européennes citons tout particulièrement les collaborations avec la Pologne au travers de l’accord de coopération entre l’Université Jagellonne de Cracovie, l’Université d’Orléans et le CNRS.
Les collaborations internationales sont nourries notamment par l’accueil de chercheurs étrangers « en résidence » au CBM (généralement pour 1 an), grâce au soutien financier de l’agence régionale LE STUDIUM.