Typologie d'actualités : Equipe Aspects moléculaires du vivant

Une nouvelle méthode d’analyse de la terminaison de la transcription Rho-dépendante

La terminaison de transcription rho-dépendante est un mécanisme régulateur polyvalent qui est spécifique aux bactéries et qui constitue une cible intéressante pour le développement de nouveaux antibiotiques. Bien que la terminaison Rho-dépendante puisse ponctuer l’expression des gènes ou contribuer à la protection du génome à des centaines de sites au sein d’une bactérie donnée, ses caractéristiques et son périmètre exacts restent insuffisamment caractérisés. Les méthodes analytiques couramment utilisées pour étudier la terminaison Rho-dépendante sont généralement limitées et à faible débit. Pour pallier ces difficultés, le groupe de Marc Boudvillain au CBM a développé une méthode in vitro basée sur un principe de détection par fluorescence qui est compatible avec la caractérisation rapide et à haut débit de la terminaison de la transcription Rho-dépendante. Cette nouvelle méthode devrait faciliter l’identification de nouveaux sites et mécanismes de terminaison et convenir au criblage haut-débit de chimiothèques à la recherche de nouvelles drogues antibiotiques ciblant le facteur Rho.

Une voie d’accès inédite à des thio-glycopeptides

Des chimistes du Centre de Biophysique Moléculaire et du laboratoire Biomolécule-Conception, Isolement et Synthèse (BIOCIS, CNRS UMR 8067/Université Paris-Sud) ont mis au point une méthode simple et originale pour synthétiser des peptides thioglycosylés, des glycoconjugués réputés pour être très stables dans les milieux biologiques. Ces travaux représentent une avancée notable en glycochimie, et ouvrent la possibilité à de multiples applications dans la synthèse de glycopeptides et de glycoprotéines d’intérêt thérapeutique, ou comme outils pour explorer le monde du vivant.

Des chercheurs du CBM ont créé la première méthode de détection de complexes non covalents de biomolécules par spectrométrie de masse MALDI basée sur des dépôts liquides

Le succès de cette méthode repose sur l’utilisation de matrices liquides non-volatiles, ce qui évite le passage par la phase solide classiquement employée en MALDI et la dénaturation des assemblages non covalents. Par leur viscosité accrue, ces matrices ont aussi l’avantage de mieux mimer les milieux encombrés des organismes vivants.
La fiabilité de cette méthode a été montrée pour des systèmes non-covalents de type protéine protéine et protéines ligand. Cette nouvelle approche pourrait être utilisée pour des criblages de ligands de protéines thérapeutiques et faciliter l’analyse de complexes de protéines membranaires par spectrométrie de masse.

Des chercheurs du CBM ont développé le premier outil de prédiction de la terminaison Rho-dépendante, un mécanisme essentiel de régulation bactérienne.

La terminaison Rho-dépendante est un mécanisme spécifiquement bactérien qui joue un rôle majeur dans l’expression génique et le maintien de l’intégrité génomique. C’est notamment un mécanisme important d’ajustement rapide des bactéries aux changements environnementaux ou aux stresses. Bien que les sites de terminaison Rho-dépendante soient très diversiformes et sans réelle séquence consensus, les chercheurs du CBM ont identifié des dizaines de ‘descripteurs’ quantitatifs de séquence (%C et %G, par exemple) qui, pris collectivement, offrent une bonne prédiction de la sensibilité à l’action de Rho (taux de succès 85%). Cette nouvelle approche devrait faciliter l’étude des mécanismes Rho-dépendants de régulation, de protection et de plasticité des génomes bactériens et pourrait être étendue à d’autres types de signaux cryptiques.

Ces travaux ont été publiés dans le journal Nucleic Acids Research.

Les kisspeptines, futures alliées de la reproduction en élevage

Retrouvez dans CNRS Innovation l’article consacré à la collaboration entre le CBM, le PRC et l’ICOA et une société de biotechnologies pour synthétiser des analogues plus performants et les tester sur le terrain.

Decourt C., Robert V., Anger K., Galibert M., Madinier J.-B., Liu X., Dardente H., Lomet D., Delmas A. F., Caraty A., Herbison A. E., Anderson G. M., Aucagne V. and Beltramo M.
A synthetic kisspeptin analog that triggers ovulation and advances puberty.
Scientific Reports, 6 , 26908 – doi : http://dx.doi.org/10.1038/srep26908

Contacts :

Vincent Aucagne – Centre de biophysique moléculaire

Massimiliano Beltramo – Physiologie de la reproduction et des comportements

La synthèse des peptides thioesters enfin simplifiée

Cet article est signalé par l’Institut de Chimie du CNRS sur son site et diffusé dans la lettre En direct des labos .

[Victor P. Terrier, Hélène Adihou, Mathieu Arnould, Agnès F. Delmas & Vincent Aucagne
A straightforward method for automated Fmoc-based synthesis of bio-inspired peptide crypto-thioesters
Chemical Science 23 septembre 2015->http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2015/sc/c5sc02630j#!divAbstract]