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Une nouvelle interprétation de spectres de diffusion de neutrons

L’article présente une nouvelle interprétation de spectres de diffusion de neutrons par des systèmes moléculaires qui a beaucoup en commun avec la théorie de Franck-Condon décrivant les transitions vibrationnnelles dans une molécule après absorption ou émission d’un photon. Ici les éléments clé sont les probabilités quantiques pour les
transitions entre les niveaux d’énergie du système étudié, qui sont induites par la diffusion d’un neutron. De cette manière, le concept fondamental de "paysages d’énergie", qui a été introduit par Hans Frauenfelder afin de décrire la dynamique interne de protéines en termes de "sauts" entre les minima de leur énergie (libre) interne, peut être intégré dans l’analyse des spectres de diffusion de neutrons par des systèmes complexes en général. La théorie donne aussi une interprétation physique intuitive des fonctions de corrélation de Van Hove dans le régime quantique, ainsi que de leur limite classique qui est habituellement considérée dans l’analyse de spectres quasiélastiques de neutrons provenant de protéines et d’autres systèmes moléculaires complexes.

Des chercheurs du CBM ont créé la première méthode de détection de complexes non covalents de biomolécules par spectrométrie de masse MALDI basée sur des dépôts liquides

Le succès de cette méthode repose sur l’utilisation de matrices liquides non-volatiles, ce qui évite le passage par la phase solide classiquement employée en MALDI et la dénaturation des assemblages non covalents. Par leur viscosité accrue, ces matrices ont aussi l’avantage de mieux mimer les milieux encombrés des organismes vivants.
La fiabilité de cette méthode a été montrée pour des systèmes non-covalents de type protéine protéine et protéines ligand. Cette nouvelle approche pourrait être utilisée pour des criblages de ligands de protéines thérapeutiques et faciliter l’analyse de complexes de protéines membranaires par spectrométrie de masse.

Des chercheurs du CBM ont développé le premier outil de prédiction de la terminaison Rho-dépendante, un mécanisme essentiel de régulation bactérienne.

La terminaison Rho-dépendante est un mécanisme spécifiquement bactérien qui joue un rôle majeur dans l’expression génique et le maintien de l’intégrité génomique. C’est notamment un mécanisme important d’ajustement rapide des bactéries aux changements environnementaux ou aux stresses. Bien que les sites de terminaison Rho-dépendante soient très diversiformes et sans réelle séquence consensus, les chercheurs du CBM ont identifié des dizaines de ‘descripteurs’ quantitatifs de séquence (%C et %G, par exemple) qui, pris collectivement, offrent une bonne prédiction de la sensibilité à l’action de Rho (taux de succès 85%). Cette nouvelle approche devrait faciliter l’étude des mécanismes Rho-dépendants de régulation, de protection et de plasticité des génomes bactériens et pourrait être étendue à d’autres types de signaux cryptiques.

Ces travaux ont été publiés dans le journal Nucleic Acids Research.